2005-11-07

    Arabidopsis no tan heterodoxa, Mendel descansa en paz

    Alla por Marzo Ana me alerto sobre un articulo en Nature que era una bomba genetica en potencia. Ahora, leyendo a Carl Zimmer, me entero de que con toda probabilidad la bomba ha sido desactivada. Me explico:

    El articulo de marras trata sobre la herencia no mendeliana de un caracter. La bomba genetica es el mecanismo propuesto: herencia por via paterna de un repositorio para el genoma alternativo al nucleo. Para mas detalles, mejor remitios a mi comentario original (y si podeis, mejor al articulo citado).

    En mi analisis del hallazgo, plantee un numero de explicaciones. Cito una:
    3. ¿Se debe la retromutación a, precisamente eso, una mayor tasa de retromutación? No. La retromutación no es un tipo específico (mecanísticamente hablando) de mutación, se produce aleatoriamente entre todas las mutaciones. Mayor retromutación de lo normal significaría que hay más mutación de la normal en ese locus, pero los autores no encuentran evidencia de otro tipo de mutaciones con frecuencias significativamente diferentes a lo esperable. Es algo específico.
    Esto sigue siendo totalmente correcto. Lo que pasa es que se me olvido tener en cuenta algo FUNDAMENTAL: la seleccion natural. Ya en marzo, Reed A. Cartwright comentaba lo siguiente:
    The authors of the Nature paper never considered and dismissed the possibility that selection was the cause of their high number of revertants. They found these refertants when the double mutants served as the pollen donor. If the HTH gene is important for success in pollen competition, then the high frequency of revertants can be explained by selection.
    Junto con otro autor, Reed ha remitido una carta a Plant Cell planteando la hipotesis alternativa: los mutantes tienen un efecto deletereo asi que la tasa de reversion no es solo la esperable por mutacion, sino que es la debida a la seleccion positiva efectuada sobre aquellos que revierten al genotipo/fenotipo original.

    No es solo la simplicidad de la hipotesis frente a la hipotetica herencia por mecanismos alternativos (aun por descubrir), que ya de por si seria suficiente. Es que ademas la explicacion es elegante y esta ampliamente documentada. Y es tan obvia! La navaja de Occam vuelve a ganar, de nuevo documentamos como la seleccion natural puede hacer cosas sorprendentes. Como reflexion final, una critica al proceso de peer-review de Nature. Vale que a mi no se me ocurriese, pero creo que los revisores (al menos 4, mas editores) deberian haberse planteado mejor las alternativas posibles antes de aceptar la publicacion de un presunto mecanismo genetico alternativo. Quiza el sistema actual ha llegado al extremo en que pesa mas en la conciencia del revisor el impacto del trabajo a publicar ("No sere yo el que frene semejante descubrimiento!", "Si esto lo aceptan, igual me invitan a que escriba un comentario!", etc.) que el aporte cientifico del mismo.

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Comentarios

1
De: El PaleoFreak Fecha: 2005-11-07 20:34

¿Quieres decir que la ortodoxia darwinista malvada ha vuelto a "quemar" a Galileo?
Cachis... ;o)



2
De: Ana Fecha: 2005-11-07 22:15

Hola Maxi:

No, la verdad es que razon no te falta. A mi tampoco se me ocurrio y creo que en parte fue porque me encantaria que hubiera mecanismos de herencia aun por descubrir (prejuicios como diria uno que yo se (-:)y porque cuando a uno le plantean una explicacion molecular creo que es dificil saltarse ese nivel explcativo y pensar en la seleccion natural. Por esto es que la practica cientifica es mejor hecha en comunidad y de la manera mas abierta posible, porque a unos cuantos siempre se les ocurrira la explicacion alternativa y quizas la correcta.

Un saludo



3
De: El PaleoFreak Fecha: 2005-11-07 22:20

¿No os dais cuenta de que si nos quitamos la selección natural de la cabeza empezamos a ver líos y "misterios" por todas partes? Me estoy acordando de todas las estupideces que están tan de moda sobre la extinción del cromosoma Y, por ejemplo.



4
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-08 15:05

Que raro que el Clasti no diga nada...
:-)



5
De: Clastito Fecha: 2005-11-08 18:32

Bueno, yo nunca grite eureka con este estudio para empezar, pero sin duda les recomiendo una practica semejante con la "refutacion"...
No conozco los detallles, pero de inmediato me pregunto: en la escala de tiempo que estamos hablando, para que la seleccion explicara el sesgo, no tendrian que ser los efectos deletereos bastante evidentes en los "mutantes no revertidos"? creo que esto no es asi, que hay mjutantes "no revertidos" que no presentan ninguan desventaja evidente y que esta podria ser la principal razon de porque el trabajo paso el proceso de revision en nature.
Por otro lado un vistazo rapidito a la respuesta en plant cell, para explicar el caso parece que no es suficiente invocar un factor de SN, ya que proponen una "respuesta combinada" en la que se argumenta la accion de ciertos compuestos toxico-mutagenicos...pa que? acaso necesitan eso tambien para aumentar las mutaciones y justificar el sesgo que se interpreto originalmente como evidencia de reversion?
Al final podria ser que toda esta "refutacion" requiere de bastante mas evidencia tambien sino puede resultar ser un simple parche "ad hoc"...aunque de entrada, solo por mencionar la seleccion natural, se puede adivinar que sera popular y aceptada por mucho sin mayor cuestionamiento, como siempre.



6
De: Clastito Fecha: 2005-11-08 19:07

En ese mismo numero de plant cell, hay otro articulo que dice los siguiente:

"To arrive at a consensus, it will be important to experimentally test the most plausible alternatives, such as the toxic mutator and selection hypothesis, and the possibility that hth/hth is defective in BER is a place to start. Only when all reasonable alternatives have been excluded and the mechanism behind the phenomenon elucidated will the RNA cache hypothesis gain acceptance"

De paso menciona otro estudo que mas decisivo demuestra la modificacion ambientalmente gatillada del genoma en Flax (una planta con la que hacen canastos)

"Whereas the existence of an RNA cache that is induced during stress is tentative, the evidence for some kind of massive programmed rearrangement upon environmental induction in flax is unequivocal. Inheritance of acquired changes has been an anathema to evolutionary biologists ever since Darwin's time, but that is because claims of Larmarckian inheritance were never accompanied by plausible mechanisms. However, in the case of flax at least, we may not be far from meeting this requirement"

A mi me resulta concebible que los mecanismos moleculares aun nos pueden sorprender en cuanto a mecanismos de herencia se refiere.



7
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 08:40

Recuerdo que cuando aparecieron los primeros mutantes mutator decian lo mismo, que si lamarckismo y tal, cuando lo que habia era una tasa de mutacion mas alta y ya. Con esto pasa lo mismo, que en seguida hay alguien que dice "esto posibilitaria el lamarckismo" sin entender bien ni el mecanismo molecular ni lo que es el propio lamarckismo. Lamarckismo no es herencia de caracteres adquiridos, sino herencia de caracteres ADAPTATIVOS adquiridos. Hay una gran diferencia.



8
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 08:43

De todos modos, que hipotesis es mas aceptable siguiendo el principio de parsimonia? Que el mutante hth sea toxico mutagenico (otros casos hay documentados) o que exista un mecanismo no descubierto en ningun otro organismo de herencia alternativa al ADN? No es solo que la negacion de la primera sea necesaria para creerse la segunda, sino que hay que demostrar cual es la base molecular de semejante mecanismo alternativo. Eso ya se dijo en Marzo y aun estamos esperando...



9
De: Clastito Fecha: 2005-11-09 17:00

Pa los que nos gusta la cladistica, a la parsimonia se le pone numero, sino invocarla a favor es basicamente "bullshit".
Las dos hipotesis requieren mas evidencia de la que tienen, eso es seguro. Por eso no me han visto entusiamado ni con una, ni claudicando a la otra. Insisto: en la teoria de seleccion no entiendo como NO detectaron desventajas evidentes. A esto sumese que han habido varias otras hipotesis para el fenomeno. Es algo inducido ante stress con una dimension ambiental nada muy mendeliana. Lo del RNA? Bah, puede ser, como puede ser otra cosa.
Lo que es seguro es que la herencia de caracteres adquiridos ocurre y puede tener varios mecanismos posibles, y si lo piensas, Biomaxi, te daras cuenta que habiendo aceptado eso, que sea o no sea adapatativo es secundario, porque la dapatacion es contexto-dependiente. POR SUPUESTO que puede haber herencia de caracteres adquiridos adaptativos. Personalmente tengo motivos para pensar que incluso puede ser mas facil que rasgos adaptativos sean asimilados.
Me parece curioso que tengas una prohibicion de la asimilacion gentica en el ambito de los rasgos adapatativos, no veo porque. Pa no cuestionar a la hegemonia de la seleccion natural como fuente de adaptaciones, me imagino (*bostezo*).



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De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 17:36

Clastito, yo no tengo ninguna prohibicion en ninguna cosa. Solo digo que el Lamarckismo es direccional. Uso y desuso-->herencia. Encontrar una base molecular para eso es mucho mas complicado de lo que parece.



11
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 17:40

Y el principio de parsimonia que invoco, Clasti, tambien se conoce como navaja de Ockham. Quieres numeros tambien, con la navaja de Ockham? Yo te los doy: mecanismos novedosos no descritos hasta la fecha que requiere la hipotesis de la seleccion = 0. Idem para la revolucionaria alternativa al ADN genomico = 1.

Entia non sunt multiplicanda praeter necessitatem



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De: Anónimo Fecha: 2005-11-09 18:18

"mecanismos novedosos no descritos hasta la fecha que requiere la hipotesis de la seleccion = 0. Idem para la revolucionaria alternativa al ADN genomico = 1"

No te me pongas charlatan, que es penoso y ya hay bastantes. Lo unico que has hecho es definir la cosa a tu gusto. Eso no es matematizar. Este tipo de problemas no se resuelven asi, sino con evidencia: la hipotesis de la seleccion tiene correlatos claros y estos son los que se pueden efectivamente contrastar con observaciones que aun no se han hecho. La biologia es el uncio camino para resolver en este caso: hay que recolectar mas datos. No mas argumentos "smart-ass".
Deberias saber que la navaja de Ockham la puede invocar un creacionsita si quiere, o quien sea, si define la cosa a su gusto. Te puedo asegurar que todos los cientificos, no importa cuan dispares sus posturas, creen que la navaja esta de su lado tambien. Si fuera asi, como la SS es una idea bien simple y ampliamente aceptada ya ni tenemos que estudiar los detalles de ningun proceso evolutivo: ante cada caso la explicacion mas "parsimoniosa" seria "fue la SN". BULLSHIT.

En la asimilacion, el uso y el desuso es el punto de inicio. El genotipo sigue al fenotipo. Direccional? como quieras, pero no hay teleologia. La SN tambien es direcional.







13
De: clastito Fecha: 2005-11-09 18:18

anonimo soy yo, obvio



14
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 18:52

Cito de la carta de Cartwright a Plant Cell:

The existence of an alternate reserve genome appears consistent with the data and would necessitate a revision of our theories of heredity. Two recent commentaries on this discovery suggested that, instead of an RNA cache, the hth-correcting mechanism depends on ectopic gene conversion (Chaudhury, 2005) or on an elusive DNA cache (Ray, 2005). Thus, all explanations offered until now invoke novel genetic phenomena. We offer an alternative explanation based on established genetic and evolutionary principles.
Ahi lo tienes, encapsuladito. 4 modelos que expliquen los datos, 3 requieren nuevos mecanismos, 1 no. Ockham aqui para quien?

Sigamos. Lo unico que necesita la teoria de la seleccion es que el alelo hth tenga menor eficacia biologica que el HTH.
The HTH gene encodes a product whose closest characterized relative is an MBC oxidoreductase that hydrolyzes the aromatic mandelonitrile in stone fruits (Zheng and Poulton, 1995) (Figure 1A). Arabidopsis has complex metabolic pathways for the production of glucosinolates (Wittstock and Halkier, 2002; Brown et al., 2003), some of which are aromatic and resemble mandelonitrile (Figure 1), and aromatic glucosinolates and their derivatives are mutagenic (Musk et al., 1995; Kassie et al., 1999; Kassie and Knasmuller, 2000; Canistro et al., 2004)
Digamos que la hipotesis de que el mutante hth sea toxico es cuando menos bastante plausible.

El establecimiento de la tasa de reversion es en principio muy sencillo: contar cuantas plantas HTH/hth salen de un autocruzamiento hth/hth. Claro, sencillo cuando no hay seleccion involucrada. En que momento surge el mutante? Por necesidad, en algun lugar de la linea germinal parental, es decir, que no todo el polen que fertiliza los ovulos (o todos los ovulos fertilizados por el polen) es identico. Si hay diferencias fenotipicas, y estas afectan a su viabilidad, el recuento aparecera sesgado. Lo que es mejor: ni siquiera tiene por que haber una diferencia en fertilidad entre el genotipo hth/hth y el HTH en sus respectivos autocruzamientos, es en la competencia entre ambos cuando importa.

En cualquier caso, la ciencia funciona como funciona y es a los que proponen cosas raras a quienes les toca demostrar primero que las hipotesis no extraordinarias no bastan y segundo generar evidencias en favor de la existencia de un nuevo mecanismo.



15
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 19:00

Volviendo al punto final de mi historia: estas criticas deberian haberselas planteado los referees a los autores del articulo original, y ellos deberian haber hecho los experimentos correspondientes para descartarlas (retrocruzamientos a dos vias, por ejemplo; en uno el heterocigoto es la antera, en el otro el gineceo. Comparando la desviacion de los fenotipos frente a lo esperado podria verse si hay o no efecto parental)

Testing the toxic mutator hypothesis would be simple: sequencing of heritable polymorphic changes observed at various loci should reveal whether the changes are template directed (i.e., reflect the ancestral genotype) or random and without reference to the ancestry. The mutator potential of hth mutants could be assessed by TILLING (Till et al., 2003) and should be associated with novel mutant phenotypes. Selection in favor of HTH pollen could be tested in pollen mixing experiments. Suppressor mutations at other loci could be distinguished from effects derived from the HTH locus by mapping.
Estos experimentos debe hacerlos el laboratorio que tiene el material y que ha hecho el resto de experimentos. Hacer que sea asi es la labor del revisor del articulo durante el proceso de publicacion. Que no haya sucedido asi, señala al mal funcionamiento del sistema.



16
De: Clastito Fecha: 2005-11-09 19:05

Ockham para nadie, hombre!!! hasta que se demuestren las diferencias de fitness que deberian ser evidentes y sin embargo no se han demostrado. Como podrian haber sido pasadas por alto? Ya que serian tan faciles de detectar los seniores de la hipotesis seleccionista nodeberian tener problemas en darse la molestia de constatralas. He ahi mi escepticismo, y mi natural exigencia de ver pruebas.
Ademas esta el caso del Flax, ahi, segun tu filosofia conservadurista, pensar en un nuevo mecansimo es tener a "ockham en contra" y sin embargo, ahi esta. la fisolosfia que defiendes en esa parrafada final 'a lo paleofreak' es lo que los hace a ambos tan reeaccionarios. Solo puedo decir que asi les va a ir muy mal en biologia. Van a tener siempre la tendencia de dar por saldadas las cosas con que les invoquen algo que tenga tan solo la reminiscencia de la posibilidad de su querido esquema neodarwinista. Asi no se van a enterar de nada, sinceramente...


Lo que corresponde entonces, es demostrarlas.



17
De: Clastito Fecha: 2005-11-09 19:13

Claro, si hay experimentos que hacer! Esos dirimiran la cuestion. Si los seniores de nature no lo vislumbraron, ni los autores, ni los demas comentaristas, puede ser por algo, como la pregunta sin contestar que hice sobre el fitness. Si resulta que al final es toxic mutator, pues bien!! Flax todavia esta ahi, los caracteres adquiridos siguen ahi...no veo motivo para ninguna fiesta darwiniana, pase lo que pase, a menos que QUIERAN transformalrlo en vindicacion de algun tipo y lanzar todo a la basura. Lo cual seria muy estupido, no?



18
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 19:19

Las diferencias de fitness pueden ser evidentes y aun asi no haberse reportado, sencillamente porque no se han parado a mirarlo. De hecho, en practicamente ningun trabajo de bio molec (en plantas o animales) lo hacen, a pesar de trabajar con mutantes y demas gaitas.



19
De: Clastito Fecha: 2005-11-09 19:30

De acuerdo, pero en este caso estamos hablando de una selecion fuerte, en cuanto, un mero par de generaciones? Como podrian haber evitado notar una baja en la eficacia de la polinizacion, una mayor muerte, o lo que fuese? Ni se les cruzo por la cabeza!!!



20
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 19:35

Si lo que baja es la eficacia del polen en fertilizar, entonces no notas nada. Una planta produce muchisimo polen, suficiente para fertilizar sus propios ovulos y los de otras mil plantas. Mucho tendria que bajar la eficacia para que se notase en terminos de semillas producidas. Donde si se notaria rapidamente, sin embargo, es al mezclar polen y fecundar artificialmente con dicha mezcla. Viendo el genotipo de los descendientes puedes ver cuanto se desvian de la proporcion en que se mezclo el polen y ese efecto sera principalmente por seleccion (puedes genotipar el polen antes de mezclarlo, puedes repetir el experimento n veces y ver la reproducibilidad, que se seria nula en caso de deriva, etc)



21
De: Clastito Fecha: 2005-11-09 20:28

Hmmm si es asi, habria sido mejor si Nature demandase ejecutar esos experimentos. A lo mejor Bio me puedes contestar si la seleccion seria suficiente para explicar el sesgo, o han tenido que invocar ademas una mayor tasa de mutacion para hacer encajar los numeros.



22
De: Clastito Fecha: 2005-11-09 20:30

Como sea no me cabe duda que mas temprano que tarde se resolvera si la seleccion explica o no el fenomeno. Hay que andar despiertos...



23
De: BioMaxi Fecha: 2005-11-09 20:32

La seleccion sola serviria para explicar la desviacion. Lo de que el fenotipo ademas de toxico sea ligeramente mutagenico tiene que ver con lo de si el efecto se circunscribe a los alelos en cuestion o hay alguna traza en el resto del genoma que indique un nuevo mecanismo hereditario (por lo que se ve, sus estimaciones sobre retromutaciones en otros loci son tambien cuestionables)



24
De: El PaleoFreak Fecha: 2005-11-09 20:33

"Como sea no me cabe duda que mas temprano que tarde se resolvera si la seleccion explica o no el fenomeno"

Clastito, te veo menos dogmático últimamente. Enhorabuena :o)



25
De: Clastito Fecha: 2005-11-09 20:40

Chuuuucha, pero Xac me acaba de tachar de dogmatico!! jajaja



26
De: El PaleoFreak Fecha: 2005-11-09 20:46

Si yo no digo que no lo seas :oD



27
De: Clastito Fecha: 2005-11-09 21:17

y Ud.??



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